La Facultad de Química cuenta con un cluster de ćalculo de alto desempeño (HPC) desde el año 2008, que pertenece al CCBG/DETEMA y que está disponible para uso de los distintos grupos de investigación de la facultad en proyectos conjuntos o coordinados. Existe un reglamento de uso del cluster de HPC en proceso de discusión. Para el uso del sistema dirigirse a los profesores K. Irving u O. N. Ventura.
Actualmente el cluster cuenta con 18 nodos, que en conjunto suman 208 cores (416 threads) de procesamiento tradicional (CPU) más 12096 CUDA cores (GPU), 936 Gb RAM y aprox. 24 Tb de disco. En la siguiente tabla se describen las características principales de los nodos.
Nodos tradicionales:
N° de nodos | Modelo | CPU | cores | Vel.(GHz) | RAM(Gb) | Disco(Gb) |
---|---|---|---|---|---|---|
5 | Intel S5000VSA | Intel Xeon E5410 | 2×4 | 2.33 | 16 | 2×500 |
5 | Dell PowerEdge R710 | Intel Xeon E5645 | 2×6 | 2.4 | 72 | 2×500 + 600 |
2 | HP ProLiant DL385 G7 | AMD Opteron 6172 | 2×12 | 2.1 | 72 | 2×500 |
1 | HP Proliant DL385g G8 | AMD Opteron 617x | 2×16 | 2.1 | 64 | 2×500 + 1200 |
4 | HP Proliant DL385p G8 | AMD Opteron 617x | 2×16 | 2.1 | 64 | 2×500 + 3×146 |
Nodos con GPU:
N° de nodos | CPU | cores | GPU | CUDA cores | Vel.(GHz) | RAM(Gb) | Disco(Gb) |
---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | Intel i7-4960X | 6 | 1 GeForce GTX 780 Ti | 2880 | 3.6 | 32 | 2×1000 |
1 | Intel Xeon E3-1245 V2 | 4 | 4 GeForce GTX 780 | 4×2304 | 3.4 | 16 | 1×2000 |
Este equipamiento se complementa con un nodo de almacenamiento que actúa de frontend, 2 switches de Gigabit con port trunking y el cluster está aislado de la red mediante un bridging firewall.
El sistema operativo empleado en todos los equipos es Linux Debian. Para administrar los recursos del cluster se emplea SLURM como resource manager y scheduler. La administración de usuarios y almacenamiento de red se realiza con NIS/NFS.
El cluster cuenta con las herramientas de desarrollo habituales de entornos Linux, incluyendo los compiladores GNU Fortran, C y C++, así como los compiladores de Intel (Fortran, C y C++). Cuenta con las bibliotecas usuales: Slapack, Blas, Atlas, MKL, etc. Para la ejecución en paralelo cuenta con OpenMP y MPI (OpenMPI y Mpich).
Aparte de la posibilidad de que cada usuario compile y ejecute su propio código, hay una batería de programas de cálculo prontos y disponibles para ejecutar por cualquier usuario habilitado, a saber:
Paquete | Versión | Descripción |
---|---|---|
AMBER | 12 | Molecular Dynamics |
ADF | 2012.01 | Amsterdam Density Functional |
AutoMeKin | Reaction mechanisms | |
Casino | 2.8 | Quantum Monte Carlo (QMC) |
CPMD | Ab Initio Molecular Dynamics, plane wave / pseudopotential implementation of DFT | |
Dalton | 2.0 | Ab Initio molecular properties calculation |
Espresso | 5.0 | DFT Electronic Structure Calculations |
Gaussian | 2009 | Ab Initio Electronic Structure Calculation |
GPOP | 2022.01.20m1 | Gaussian POst Processor |
Molpro | 2012.1 | Ab Initio programs for Molecular Electronic Structure calculations |
MRCC | 2019 | Ab Initio, DFT, CC, MRCC, etc. |
NAMD | 2.7 | Molecular Dynamics |
NWChem | 6.0 | Ab Initio Electronic Structure of Molecules and Periodic Systems |
OpenMolcas | v18.09 | MRCI, CASPT2, MC-PDFT, etc. |
Orca | 4.1.2 | An ab initio, DFT and semiempirical SCF-MO package |
Towhee | 6.0 | Monte Carlo Molecular Simulation |
VASP | Viena Ab Initio Simulation Package, electronic structure calculations and quantum-mechanical molecular dynamics | |
Wein2k | 9.1 | DFT electronic structure calculations of solids |